El Derecho emanado de las instituciones comunitarias en ejercicio de su poder normativo prevalece sobre el Derecho nacional. Este carácter de supremacía se fundamenta en la cesión del ejercicio de la soberanía que los Estados miembro realizan en favor de las instituciones europeas. Tal cesión sólo tiene sentido dotando de superioridad jerárquica a la norma comunitaria en materias de su competencia. Algunos autores interpretan la doctrina del Tribunal de Justicia de la Unión Europea en el sentido de que la norma comunitaria primaría incluso sobre aquellas normas nacionales de rango constitucional. Hay que señalar que esta primacía no deroga las normas nacionales que son contrarias a las de la Unión, sino que las «desplaza»; esto es, las normas nacionales contrarias a las europeas dejan de aplicarse, pero no desaparecen.

La primacía del ordenamiento comunitario es de aplicación obligatoria por parte del poder judicial. La característica no se garantiza a través de un mandato al ejecutivo o al legislativo, sino que tal y como señaló el Tribunal de Justicia de la UE, es el juez competente en una materia determinada quien está obligado a «aplicar íntegramente el Derecho comunitario y proteger los derechos que éste confiere a los particulares, dejando sin aplicación toda disposición eventualmente contraria de la ley nacional anterior o posterior a la regla comunitaria».

El principio de primacía fue instaurado por el Tribunal de Justicia tras la sentencia de 15 de julio de 1964 en la que se enfrentaba Flaminio Costa contra ENEL. Con dicha sentencia, el Tribunal de Justicia consideró que la primacía del Derecho comunitario limita el margen de maniobra a los Estados miembros impidiendo que prevalezca un derecho opuesto al de las instituciones europeas. El Tribunal de Justicia declaraba también en esta sentencia que los Estados Miembros no podían alegar la norma de reciprocidad, que es genérica del Derecho internacional, por lo que existía así, la imposibilidad de que hicieran prevalecer, contra un ordenamiento jurídico por ellos aceptado sobre una base de reciprocidad, una medida unilateral. En la práctica esto supone el deber de acatar el ordenamiento jurídico de la Unión.

El principio de primacía del Derecho comunitario surge inicialmente como construcción jurisprudencial, en el afán del Tribunal de Justicia por garantizar la autonomía y unidad del Derecho comunitario ante los Derechos de los Estados miembros. Esta primacía intentó institucionalizarse en el Tratado por el que se establece una Constitución para Europa; sin embargo, ese tratado nunca llegó a entrar en vigor, pues franceses y neerlandeses lo rechazaron en referéndum. Sí se ha visto expresado, no obstante, en determinadas reformas constitucionales estatales a favor de la primacía del Derecho europeo, como por ejemplo la Constitución de Irlanda (art. 29.4). Tal cosa, en cambio, no se da en relación con aquellas Constituciones que no se han reformado en dicho sentido (como la Española), por cuanto lo que su suprema normatividad sobre el Derecho de la Unión es más discutible. De cualquier manera, los Tribunales Constitucionales nacionales han aceptado la primacía del Derecho de la Unión derivado frente a las propias Constituciones, siempre y cuando éste sea respetuoso, en general, con la democracia, derechos fundamentales y descentralización territorial.

Como ya se dijo, la primacía de la norma comunitaria prima sobre cualquier norma de carácter nacional, ya sea una ley, un reglamento, un decreto, una resolución, una circular, etc. Y en lo que se refiere a las Constituciones nacionales, éstas también estarán sujetas a dicho principio. En relación con lo mencionado, surge la reticencia de algunos órganos jurisdiccionales nacionales a tal aplicación (en lo que respecta a la protección de Derechos Fundamentales) dando lugar a la instauración por parte del Tribunal de Justicia de un conjunto de principios generales de Derecho que engloban los Derechos Fundamentales en el ámbito del Derecho Comunitario. El Tribunal de Justicia considera que tal principio beneficia a todas las normas, no solo del Derecho primario sino también a las del Derecho derivado.

El órgano jurisdiccional europeo encargado de velar por el respeto del principio de primacía será el Tribunal de Justicia (fue el encargado de instaurar dicho principio tras la sentencia del 15 de julio de 1964) controlando su correcta aplicación y sancionando, si se requiere, a los Estados miembros en el caso de que no cumplan con tal disposición, pudiendo y debiendo aplicar diferentes recursos, y en particular el recurso por incumplimiento. A nivel estatal, será el juez nacional el encargado de velar por el cumplimiento de dicho principio, pudiendo hacer uso del recurso prejudicial en el caso de la existencia de dudas en lo relacionado con su aplicación